1、菌丝变黄收缩：接种后10-15天，菌丝逐渐变黄、稀疏、收缩，不能继续长入料内。
1、发生原因：培养室内温度高，通风不好，袋间排料太紧，影响空气流通，料温难散，菌丝被高温破坏温度。 料太湿压得太紧，透气不好，菌丝缺氧。 杀菌不彻底，物料中的嗜热菌大量繁殖，争夺养分，抑制菌丝生长。 培养室通风不良，二氧化碳浓度高。
2、预防措施：培养室温度最好保持在20左右。袋与袋之间应留有微小的距离，以利于物料温度的发散。天气炎热时，要做好通风降温工作。 掌握料水比例。套袋应有适当的弹性。发现物料过湿时，可将袋子移到通风强的地方，将菌丝长过肩的袋子松开。通风除湿。 堆肥常压灭菌，100保温10小时，防止细菌污染。
2、真菌后期菌丝生长缓慢，袋子长期不饱满：
1、发生原因： 袋子不透气，菌丝缺氧，多见于两端打结的封闭式细菌培养。 温度低时，菌丝生长非常缓慢或停止生长。
2、预防措施：采用密闭式细菌培养时，当菌丝长入料内35厘米时，解开袋子两端的系绳，松开袋口，放气，或用穿刺法开孔以通风和补充氧气。 保持适宜温度栽培，室内温度不低于18。
3、菌丝未长满时会出菇：
1、原因：菌丝培养温度过低，不适宜出菇。
2、预防措施：适时栽培。低温培养时，加热培养菌丝，使温度保持在18以上。
3、防治方法：适时催芽，缩短催芽时间，减少物料表面水分蒸发； （来源：蘑菇小女孩）
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